Het oude Dorestad was een belangrijke doorgangsplaats voor de eerste christelijke missionarissen. Zo vertrok Bonifatius in 716 vanuit York naar Londen en daar  scheepte hij zich in richting Dorestad. Ook vermelden bronnen dat vele mensen zich lieten dopen in Dorestad . De bisschop uit Utrecht  bezat in Dorestad een kerkje dat vermoedelijk  aan de Hl. Martinus, de patroon van het Frankische Koningshuis, was gewijd.

Ook in de 10^e eeuw  was er sprake van een kerk, vermoedelijk een houten gebouw.

Willem van Abcoude ( 1345 – 1407 ) stichtte het Maria Magdalenaklooster in Wijk in 1398. Ook stichtte hij uit religieuze motieven het Ewoud Gasthuis in Wijk Bij Duurstede. In dit gasthuis werd een kapel gebouwd.

De St.Janskerk aan de Grote Markt werd gesticht in de 14e eeuw, dus nadat de stad stadsrechten gekregen heeft in 1300. Zij kwam te staan op een onbewoond terrein binnen de eerste omwalling en verving de veel oudere Heilige Kruiskerk aan de Steenstraat als parochiekerk. Opgravingen hebben aangetoond, dat het eerste gebouw een eenvoudige een-beukige kerk was, met een losstaande toren aan de westkant. In het schip bevond zich een waterputje, mogelijk voor het doopwater.

In de eerste helft van de 15e eeuw werd de kerk vergroot, waarbij de westtoren verdween. Tijdens de regering van David van Bourgondie ( 1456 –  1496) begon men opnieuw aan een ingrijpende verbouwing , die de St. Janskerk tot een van de mooiste kerken in het Sticht moest maken. Als eerste werd de bouw van een nieuwe toren aangepakt, die in hoogte de domtoren moest overtreffen. Het ontwerp is bewaard gebleven . Wegens geldgebrek is de toren nooit afgebouwd.  Tot overmaat van ramp brandde  in 1579 het gereed gekomen nieuwe koor gedeeltelijk af en moest enkele jaren later worden gesloopt. In 1581 gaat de Grote kerk over in handen van de Gereformeerde Kerk  en komt er een kerkeraad , bestaande uit 6 ouderlingen en 2 diaken. Nadat  in 1586 het R.K. geloof verboden werd kwam er een schuilkerk in de Achter-straat. Ook het klooster werd in 1604 gesloten. Toen er weer godsdienst vrijheid  kocht men een terrein om een nieuwe R.K. kerk met pastorie te bouwen.  In 1816 werd de eerste steen gelegd voor de nieuwe zogenaamde Waterstaatskerk en deze werd in 1833 ingewijd.

R.K  SCHUILKERK

In de Achterstraat, waar nu nummer 58  is, stond een R.K. Schuilkerk. Er was een woning met daarachter een groot schuurachtig gebouw.dat dienst deed als R.K. Schuilkerk. In 1899 zijn op dezelfde plaats “de 12 apostelen”gebouwd. Deze woningen zijn in 1976 gesloopt om plaats te maken voor nieuwbouw.

SYNAGOGE

In Wijk bij Duurstede was een Joodse gemeenschap. In de Volderstraat, nu nummer 7, stond een synagoge. Leden van de Joodse gemeenschap werden begraven  op de Joodse begraafplaats  in de  zuidwestelijke bocht van de Singel.  Hier staan nog twee negentiende eeuwse zerken met hebreeuwse opschriften. De synagoge in de Volderstraat dateert uit 1802 ( stichtingssteen in de voor-gevel) . De functieverandering , namelijk  de verbouwing in een woonhuis, vond in 1923 plaats.

ORGEL           

(bron:  Brochure Grote Kerk door Wim Breunesse, organist Grote Kerk)

Het hoofdorgel van de Johannes de Doperkerk is van hoge ouderdom. Ruim voordat de kerk in 1581 overgaat in hervormde handen is er in de archieven al sprake van organisten. Onderzoek heeft aangetoond dat de nog steeds aanwezige orgeltribune en de zeer fraaie orgelkast gebouwd zijn rond 1540 ter vervanging van een ander orgel. Waarschijnlijk heeft David van Bourgondie opdracht tot de bouw van dit instrument gegeven. In het begin van de 17e eeuw heeft de orgelmaker Albert Kiespenning in de bestaande kas een nieuw instrument geplaatst. Van dit insturment is nog  zeer veel pijpwerk aanwezig. Een eeuw later, in 1716 besluit de vroedschap van de stad het orgel te laten restaureren en uit te breiden. Dit werk wordt verricht door Verhofstadt. In 1819 krijgt de Goudse orgelmaker Friedrichs op het orgel ingrijpend te wijzigen. De geschilderde koppen op het orgel dateren vermoedelijk uit de 17e eeuw.